最高人民法院认为：关于质保金应否扣留的问题。

首先，关于质保金的问题，根据《建设工程质量保证金管理暂行办法》第二条规定，本办法所称的建设工程质量保证金是指发包人和承包人在建设工程承包合同中约定，从应付工程款中预留，用以保证承包人在缺陷责任期内对建设工程出现的缺陷进行维修的资金。

缺陷责任期一般为六个月、十二个月或二十四个月，具体可由发、承包双方在合同中约定。

本案中，《合作开发合同》第五条约定工程竣工后留工程费用5%的质保金，但对质保金的扣留期限即缺陷责任期并未作出约定，双方对该期限也各执一词，未能达成一致。

其次，关于佳大一附院主张应在法定的最低保修期限内扣除质保金的问题，系其对质保金扣留期限及最低保修期限的误解。

根据《建设工程质量管理条例》第四十条规定，在正常使用条件下，建设工程的最低保修期限为：

（一）基础设施工程、房屋建筑的地基基础工程和主体结构工程，为设计文件规定的该工程的合理使用年限；

（二）屋面防水工程、有防水要求的卫生间、房间和外墙面的防渗漏，为五年。供热、供冷系统，为2个采暖期、供冷期；

（三）电气管线、给排水管道、设备安装和装修工程，为2年。

其他项目的保修期限由发包方和承包方约定，建设工程的保修期，自竣工验收合格之日起起算。

但是，建设工程最低保修期与质保金扣留期限是不同的，最低保修期限是法律规定的建设工程保修的最低期限，是法定的，当事人不得通过约定变更。质保金的扣留期限是发包方与承包方约定的扣留质保金的期限，经协商一致双方当事人可以任意约定。

涉案工程在2011年5月26日已达竣工交付条件，至今已逾五年，通常情况下也应当给付质保金。

佳大一附院将质保金扣留期限理解为最低保修期限，主张涉案工程尚在质保期限内应扣留5%的质保金，既没有合同依据，也没有法律依据，原审判决未扣除5%的质保金符合法律规定。

最高人民法院认为：

二、关于案涉工程质保金635,678元应否返还问题。

建设工程质量保证金是指发包人与承包人在建设工程承包合同中约定，从应付的工程款中预留，用以保证承包人在缺陷责任期内对建设工程出现的缺陷进行维修的资金。

双方在《公路建设工程施工合同》第4.4条约定：“工程质量保证金按结算价款的3%预留，初验并在乙方将初验中所发现的质量问题处理后15日内返还给乙方50%，余50%在竣工验收一年后15日内返还……。”

该工程交付使用时间及通车时间为2009年10月25日。按照施工合同约定，从2009年10月25日起，一年后15日内应返还质保金。

双方在《补充协议》中约定：工程缺陷责任期为2年，保修期为5年，质保金为合同价款的5%。

因此，635,678元质保金应按照《补充协议》的约定于工程缺陷责任期届满后返还，即2011年10月25日前返还，不能按约返还应支付相应的利息损失。

故二审法院根据双方在《补充协议》中的约定，判决阿尔山市人民政府返还质保金635,678元并无不当。

江西省高级人民法院经审查认为：建设工程质量合格，缺陷责任期满，保修金应予返还。

《建设工程质量保证金管理暂行办法》第二条第二款及第三款规定：“缺陷是指建设工程质量不符合工程建设强制性标准、设计文件，以及承包合同的约定。缺陷责任期一般为六个月、十二个月或二十四个月，具体可由发、承包双方在合同中约定”。

《建设工程质量管理条例》第四十条规定：“在正常使用条件下，建设工程的最低保修期限为：

（一）基础设施工程、房屋建筑的地基基础工程和主体结构工程，为设计文件规定的该工程的合理使用年限；

（二）屋面防水工程、有防水要求的卫生间、房间和外墙面的防渗漏，为5年；

（三）供热与供冷系统，为2个采暖期、供冷期；

（四）电气管线、给排水管道、设备安装和装修工程，为2年。其他项目的保修期限由发包人与承包人约定。建设工程的保修期，自竣工验收合格之日起计算。

根据上述法律规定可知，缺陷责任期与质量保修期不属于同一概念。

缺陷责任期是针对保修金的保留期限，该期限通常不超过24个月，缺陷责任期满，保修金应予返还。缺陷责任期满，如果工程仍处于质量保修期内，施工单位仍然要承担保修义务。

鹤群公司混淆了缺陷责任期与质量保修期的含义。因《鹤群庐山天街建筑工程承包施工合同》中对缺陷责任期的期限约定不明，原审考虑本案双方签订的合同已解除，陈杰已退场，双方对工程竣工验收已不可能，参照《建设工程质量保证金管理暂行办法》第五条规定，认定涉案工程已超出缺陷责任期的通常期限，判决鹤群公司返还陈杰保修金49,940.50元，处理并无不当，且本院（2013）赣民一终字第160号生效判决对鹤群公司应向陈杰支付的工程款中已扣除工程整改修复费用。一、二审判决认定事实清楚，适用法律正确，处理并无不妥。鹤群公司申请再审理由不能成立。”